פולשים מעולם אחר תוקפים ללא אזהרה ומשחררים את ה- Machine Lifeforms.
מול אותו איום שנראה כאחד שבלתי אפשרי להתגבר עליו, הגזע האנושי מגורש מכדור הארץ ומוצא מקלט על הירח.
בתור 2B, חבר של כוח האנדרואידים הצבאי החדש YoRHa, תקחו חלק בקרבות אכזריים על מנת לנסות ולהשתלט מחדש על כדור הארץ.
האנושות מפתחת צבא של חיילים אנדרואידים כדי להילחם בעדרי המכונות, אך מצליחים רק להאט את התקדמותם.
כדי לשבור את המבוי הסתום הזה, גזע חדש של חיל רגלים אנדרואידים נשלח אל הקרב: חוליית ה- YoRHa.
3 סוגי colosseums כלולים, ו-3 סוגי תלבושות המבוססות על הכותר NieR Replicant ניתנות להשגה כפרס בתוך המשחק.
