סיפורה של סמוס נמשך לאחר אירועי פיוז'ן מטרואיד כאשר היא יורדת על כוכב הלכת ZDR כדי לחקור שידור מסתורי שנשלח לפדרציה הגלקטית. כוכב הלכת המרוחק הוצף על ידי צורות חיים זרות אכזריות ואיומים מכניים מצמררים. סאמוס זריז ומסוגל מתמיד, אך האם היא יכולה להתגבר על האיום הלא אנושי העוקב במעמקי ZDR?
לאחר מכונות מחקר לחילוץ DNA, ה- E.M.M.I המרשים. עכשיו צדים את סאמוס. המתח גבוה ככל שאתה מתחמק מ- E.M.M.I. להימנע ממוות אכזרי תוך כדי מציאת דרך להוריד אותם. גלה מה הפך את פלאי הרובוטים הללו למכת ZDR וברח עם חייך.
רכוש יכולות חדשות ומוכרות כשאתה חוצה את הסביבות הרבות בעולם המסוכן הזה. חנה מעל מכשולים, החליק בין חללים צרים, התנגד לאויבים, ונלחם בדרכך על פני כדור הארץ. חזור לאזורים והשתמש ביכולות החדשות שלך כדי למצוא שדרוגים, נתיבים חלופיים ודרך קדימה. חקור את המפה השרועה, התחמק והרס את E.M.M.I. רובוטים, ולהתגבר על האימה הפוקדת את ZDR
