סיפורנו מתחיל 7 שנים לפני אירועי FINAL FANTASY VII (1997) ועוקב אחר זאק פייר, חייל צעיר ושאפתני.
על זאק מוטלת המשימה של איתור החייל הנעדר ג'נסיס רפסודוס.
בעוד הסיפור מתפתח, הוא מגלה סודות אפלים אודות הניסויים שעורך המשטר והמפלצות שהוא מייצר.
הכותר כולל מס' דמויות מעולם FINAL FANTASY VII כגון Cloud, Sephiroth, Aerith ואחרים.